土壤健康的生物指標應與生態系統功能和服務密切相關，并應具有經濟有效性、敏感性和可測量性。在眾多的生物指標中，土壤微生物群落符合指示土壤健康生物學指標的大部分標準，可以作為土壤健康的重要指標。研究表明，微生物多樣性較高的土壤表現出更多的生態功能、更強的抗環境脅迫能力和更高的作物生產能力。未來還可以通過調節土壤微生物，減少農藥和化肥的使用，提高土壤健康和作物產量，從而減少農業生產過程中的資源消耗和環境污染，實現農業的第二次“綠色革命”.生產。基于以上分析，土壤微生物組可作為評價土壤健康的關鍵指標。此外，土壤微生物組也于2019年被美國國家科學院、工程院和醫學院列為需要突破的五個主要農業研究領域之一。

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